La isla Daphne Mayor es un cráter que se encuentra ubicado al norte de la isla Santa Cruz, la cual sirve como habitad de diferentes tipos de aves costeras que anidan a lo largo de la misma. No es una isla a la cual se puede desembarcar, pero se realizar observación de aves desde el bote y también actividades de snorkeling.

Durante el buceo de superficie se puede nadar cerca de diferentes tipos de rayas, peces de arrecife, tortugas marinas y tiburones. La visita continua con una parada en Bahía Borrero, donde se puede desembarcar para buscar especies endémicas de las islas como garzas de lava, gaviotas, pelicanos y zayapas.